Сюжет, как и в первой части, крутился вокруг бешеного AI SHODAN. Однако теперь для пущей радости добавились чужие («многие»), а некоторые из инфицированных персонажей и вовсе заставляют вспомнить другую страшилку — Dead Space. Места действия — корабли Von Braun и Rickenbacker, «Тело Многих» и киберпространство.
Получил развитие и геймплей. Он стал еще более пугающим, чем в первой части. Нет, Dead Space, конечно, страшнее, но в начале 2000-х часть случаев приобретенного заикания и ночных кошмаров можно смело приписывать System Shock 2.
Ролевая система видоизменилась в лучшую сторону. Из-за ее многогранности геймплей стал почти бесконечным, т.к. можно было создавать персонажей с самыми разными характеристиками, что серьезно влияло на прохождение игры. Одно из нововведений — знакомое поклонникам более поздней Deus Ex «разбалтывание» оружия при длительном использовании.
Критики очень благосклонно приняли игру (92% на Metacritic), но в коммерческом отношении она подкачала. Тем не менее, она оказал сильное слияние на жанры FPS и Survival Horror.
В 2007 году вышла «духовная наследница» SS2 — Bioshock, также очень тепло принятая критиками и геймерами.
